大明年间，在京城有一家太和医馆，医馆馆主陈慕禅(杨皓宇 饰)表面上是一个大夫，其实他是西厂的特务。这一天他脸戴面具身穿黑衣来到西厂总部，却被厂公识破，挑了他的面具并射了他一箭。陈慕禅驾着马车带着夫人逃过了一拨又一拨杀手的追杀，最后夫妻二人被杀手逼到悬崖边，二人无路可逃只好跳下悬崖。
陈慕禅夫妻俩的死讯传到医馆，他们的女儿 陈安安(张子萱 饰)伤心的哭死过去了。大徒弟 朱一品(陈赫 饰)觉得师傅和师娘的死并不是意外，一定另有隐情。这时来了一个蒙着面的孕妇要朱一品给她接生，朱一品没接生过孩子，他赶忙翻看医书，等他想到了办法却发现孕妇不见了，桌子上却留下了一个卷轴。他打开卷轴一看，里面记载着很多杀手的名字及其所用的武器。朱一品看完卷轴就晕了过去，卷轴也自燃化成了灰烬。
原来陈慕禅夫妻俩并没有死，那个孕妇就是陈慕禅乔装打扮的，这个卷轴是陈慕禅故意留给朱一品的，他希望朱一品能够创造奇迹。看了医馆最后一眼，陈慕禅夫妻二人驾着马车离开了京城。
朱一品醒过来以后就急忙去找陈安安，他告诉沉浸在悲伤中的安安师傅和师娘并没有死，让陈安安不要过于难过。陈安安不相信朱一品，朱一品告诉陈安安师傅给他留下的有信号。陈安安是个花痴，她提醒朱一品父亲让他照顾的不仅只有医馆还有自己，她要朱一品早日娶她为妻。朱一品说师傅和师娘现在生死不明，自己不可能和陈安安谈婚论嫁。陈安安气得把朱一品拍在桌子上。
朱一品刚出房间就被西厂特务 柳若馨(姜妍 饰)打晕了，他被带到西厂总部。西厂厂公汪公公让朱一品把卷轴的内容写下来，朱一品说自己忘记了。柳若馨把朱一品带到湖上的亭台内，她抽出长剑逼朱一品说出卷轴的下落。朱一品却认出了柳若馨的长剑就是卷轴中记载的武器龙鳞决。这时，有人在暗处用飞镖攻击二人，柳若馨用长剑把飞镖打落，朱一品认出钉在墙上的飞镖是卷轴上记载的杀手春三娘的武器。