由于被炸药炸伤，英格玛神父没办法再站立，他只能坐在轮椅上让法比(张嘉译 饰)推着他到处走。苏菲(苏晓彤 饰)等人问法比如果下水道挖通，英格玛神父是否会跟他们一起离开，法比表示教堂不能没有神父，神父只能留在这里。苏菲接着问他是否会跟大家走，法比坚持他得留下来照顾神父。怕日军发现关根(冢越博隆 饰)死在教堂的事情，李全有(黄品沅 饰)与杨柔淇(李倩 饰)(李倩 饰)趁天黑把关根的尸体挖了出来，存放在教堂后院的棺材里。隔天杨柔淇与李全有在以前二人藏着的棺材里拿东西准备离开教堂，由于动作慢，日军已经开始往埋尸坑里埋土，棺材也被埋了进去，杨柔淇拿出李全有随身的利刃本打算在被日军抓到前自杀，李全有劝她先别轻举妄动，棺材被彻底埋进埋尸坑里，杨柔淇与李全有就这样被活埋了。黑岩久治(山崎敬一 饰)同意费驰接走英格玛神父，以英格玛神父年迈身体差为由，他想看看美国人的教堂没有了美国人还要怎么继续。法比挖地道时突然晕倒，苏菲等人误以为他猝死，都哭着叫法比醒过来，玉墨(小宋佳 饰)凑近一看发现法比只是太累而睡着了。日军们在教堂门前来回推着坐在轮椅上的神父玩，英格玛神父被推得晕头转向，他们却以此为乐。法比出来制止他们，他们一次次地踹开法比，不许他护着神父。玉墨帮法比照看神父，她与神父聊起天来，神父告诉她法比被抛弃过两次，一次是亲身父母，一次是神父的朋友，他的朋友把法比托付给他，神父就独自把法比拉扯大。玉墨表示她被卖到藏玉楼前也曾来到过教堂，没过多久她就被继父卖掉了。为了处理尸体，黑岩久治让手下往下水道里倒骨灰。南京沦陷的第四十天，大家依旧坚持不懈地挖着地道，法比挖着挖着挖出一条十字架项链，他想起来那正是阿顾(王远达 饰)的项链，接着他看到了阿顾的手，法比被吓得尖叫出声。